בעקבות עתירה שהגיש המוקד נגד הסחבת בה נוקט הצבא במענה לפלסטינים המבקשים לצאת לחו"ל, מתח בג"ץ ביקורת קשה על התנהלות המדינה בנושא. בפסק דין קצר מיום 5.7.2016 הבהיר בית המשפט, כי מאס בפרקטיקה הנוהגת והורה למדינה להסביר "מדוע אין משיבים במועד לפונים... והם נאלצים להגיש עתירה על כל בזבוז המשאבים של הצדדים". המדינה נדרשה גם לשרטט מנגנון מפורט לטיפול בסוגיה זו ולמניעת הכשלים.

לאחר שהמדינה הגישה לבג"ץ הודעה לקונית ודלה, שאין בה לא הסבר להתנהלותה הכושלת ולא שרטוט מנגנון לייעול המערכת, קבע בג"ץ ביום 20.4.2017, כי "יש צורך במאמץ להקל ככל הניתן על האוכלוסייה הפלסטינית הנזקקת להיתרים במישור המינהלי, כדי לפשט את החיים במציאות המדינית, המשפטית והיומיומית המורכבת... והדבר אינו בשמיים כמובן".

בדיון בעתירה שנערך ביום 9.5.2017, הדגיש השופט רובינשטיין כי מטרתו של ההליך חורגת מהטיפול במקרים פרטניים, וכי "יש מטרה ציבורית לתיק הזה". בהחלטה שניתנה בתום הדיון הורו השופטים למדינה לטפל בשני ליקויים מרכזיים, עליהם הצביע המוקד: אי-זמינותן ושעות העבודה המצומצמות של מינהלות התיאום והקישור, האמונות על מסירת תשובות לבקשותיהם של התושבים הפלסטינים בנושא היציאה לחו"ל; ועיכוב ממושך בטיפול בפניות דחופות ליציאה לחו"ל, כגון לוויה, צורך בטיפול רפואי דחוף, תחילת לימודים וכיוב'.

בנוסף, התייחסו השופטים לטענת המוקד, כי על הצבא לבחון מניעות ביטחוניות ליציאה לחו"ל לעתים תכופות יותר – אחת לחצי שנה או שנה – ולא אחת לשנתיים, כפי שקורה היום. כך ייחסכו ההליכים המשפטיים במקרים בהם יתברר מראש כי המניעה אינה מוצדקת, והיא תוּסר מבעוד מועד. בהקשר זה אמר בג"ץ, כי "חזקה על גורמי המשיב שיתנו את דעתם לנאמר מפי המוקד". לבסוף קבעו השופטים, כי חיוני שיוחלט על גורם בכיר יחסית במינהל האזרחי, אשר ישמש ככתובת למקרים בהם הטיפול מתעכב באופן שאינו סביר.

בית המשפט הורה למדינה למסור הודעה משלימה בתוך 21 יום.