נוכח התנהלותה השערורייתית של ישראל בטיפול בגופות פלסטינים המוחזקות בידי ישראל וכשלים רבים באיתורן, עתר המוקד להגנת הפרט בכמה הזדמנויות לבית המשפט, כדי להשיב גופות פלסטינים למשפחותיהם, על מנת שיוכלו להביאן לקבורה. במסגרת עתירות שהגיש המוקד בשם שלוש משפחות, שגופות בניהן מוחזקות בידי ישראל מאז האינתיפאדה השנייה, הודיעה המדינה בנובמבר 2014, כי "מוצו האפשרויות לאיתור [שלוש הגופות האבודות], ולפיכך מבחינה מעשית אין אפשרות להשיבן למשפחות".

בהמשך לעתירות, פנה המוקד ביום 23.3.2016 למרכז הלאומי לרפואה משפטית בבקשה לפי חוק חופש המידע, בעניין שלוש הגופות. בקשתו של המוקד לקבל לידיו את המסמכים הרלבנטיים לנושא לא נענתה במשך חודשים, למרות שבהתכתבות מוקדמת נמסר כי המסמכים מצויים בידי המרכז, וחרף חובתן של הרשויות לענות לפניות לפי חוק חופש המידע בתוך 30 יום.

לאור זאת, עתר המוקד ביום 10.8.2016 לבית המשפט המחוזי בירושלים, להורות למרכז לרפואה משפטית למסור את המידע המבוקש. המוקד הדגיש את חשיבותו המיוחדת של המידע המבוקש למשפחות הנעדרים, הממשיכות בעל כורחן במסע חיפוש אחר הגופות שנעלמו. עוד ציין המוקד את החשיבות הציבורית שבחשיפת התנהלותן של הרשויות, שהביאה להיעלמות גופותיהם של שלושת הפלסטינים.

בדיון שהתקיים ביום 1.12.2016 הסכימה המדינה, בהמלצת בית המשפט, למסור לידי המוקד את החומרים המבוקשים, בכפוף לאישור מראש של גורמי הביטחון הרלבנטיים. המדינה התחייבה לעדכן את בית המשפט בטיפול בעניין עד ליום 1.1.2017.