ביום 28.2.2016 עתר המוקד להגנת הפרט לבג"ץ כנגד צווי הריסה שהוצאו לשני בתים במחנה הפליטים קלנדיה, בהם התגוררו שני צעירים שביצעו פיגוע ביום 23.12.2015 סמוך לשער יפו בירושלים.

ביום 21.3.2016 התקיים דיון בבג"ץ בעתירות כאילו הוּצא בהן צו על תנאי, הדורש מן המדינה לנמק את החלטתה. המוקד טען, כי הבתים המיועדים להריסה ממוקמים במחנה פליטים, שהוקם בחסות אונר"א ואינם מצויים בבעלותן הפרטית של משפחות הפליטים המתגוררות בהם, וכי פגיעה בבתיהם של פליטים מהווה הפרה בוטה של הדין הבינלאומי. השופטים הורו למדינה להגיש תגובה משלימה, המפרטת את עמדתה בנושא. זאת ועוד. השופטים המליצו למדינה לשקול אטימה של אחת הדירות, בה התגורר המפגע בגפו, שכן לא מדובר בבית המשפחה ולכן לא מתקיים שיקול של "הרתעת המשפחה"; נוכח המחלוקת בשאלת הבעלות על הקרקע, המצטרפת לשיקולים אלו, המליץ השופט מלצר על צמצום הפגיעה בדירה, שכן "בבוא היום כשיפרוץ השלום ותיפתר בעיית הפליטים ומחנות אונר"א אפשר יהיה להסיר את החסימה".

ביום 5.4.2016 הגישה המדינה הודעה משלימה, בה התייחסה לשאלת הבעלות על הקרקע. המדינה טענה, בהתבסס על נייר עמדה של אונר"א, כי האדמות עליהן הוקמו מחנות פליטים בשטחים הכבושים אינן מצויות בבעלות אונר"א, אלא הועמדו לשימושו של הארגון על-ידי הרשויות המארחות (במקרה זה, הממלכה הירדנית).

בתגובה להמלצת השופטים לצמצם את מידת הפגיעה באחת הדירות, טענה המדינה כי הדירה כלל אינה מצויה בשטח מחנה הפליטים קלנדיה, אלא ממוקמת בשטח הכפר א-ראם הגובל בו.

בהודעה מטעם העותרים מיום 12.4.2016, ציין המוקד כי הקרקע – כמו גם הבתים שנבנו עליה במחנה הפליטים – אינם בבעלות פרטית של המשפחות; הפליטים הפלסטינים שיוּשבו במחנה על-ידי אונר"א קיבלו רשות שימוש זמנית בקרקע. זאת ועוד. למרות שקיבלה על עצמה את דין ניהול מחנות הפליטים בידי אונר"א וחרף היותה חברה באו"ם, ישראל אינה מכבדת את מעמדו של מחנה הפליטים והיא נכנסת לתחום המחנה במטרה לבצע בו הפרה בוטה של המשפט הבינלאומי ושל זכויות האדם של פליטים, להם נתן אונר"א מקלט. המוקד הוסיף, כי באותו נייר עמדה של אונר"א, אליו התייחסה המדינה בתגובתה, מגנה הארגון במפורש את הפרקטיקה הפסולה של הריסות בתים עונשיות: "הריסה או אטימה עונשית של בתים או מקלטים בשטחים הכבושים של הגדה המערבית לרבות ירושלים המזרחית, בהם מתגוררים בני משפחה של מי שמיוחס להם ביצוע פיגועים, אינה חוקית על פי המשפט ההומניטארי הבינלאומי ודיני זכויות האדם, אינה אנושית, הרסנית ואין לקבל אותה".