ישראל מונעת את יציאתם לחו"ל של רבים מתושבי השטחים הכבושים. למרות החובה למסור מראש הודעה לאדם שיש כוונה לפגוע בזכות יסוד שלו, הרי שבמשך שנים גילו תושבי השטחים הכבושים רק במועד הנסיעה ממש כי הצבא מונע את יציאתם לחו"ל. דהיינו, רק בגשר אלנבי – המעבר היחיד ממנו מאפשרת ישראל יציאת פלסטינים מהגדה המערבית לחו"ל – לשם הגיעו על מיטלטליהם, כשהם אמורים להספיק לטיסות שהוזמנו מראש, לניתוח רפואי, לתחילת לימודים, לביקור אח חולה או להשתתפות בחתונה, רק אז גילו כי למעשה אין הם מורשים לעזוב את ארצם. כך, פלסטינים רבים שביקשו לצאת לחו"ל לא יכלו לכלכל את צעדיהם מראש ולא ידעו כיצד להיערך לנסיעות אלו, אם בכלל.

במסגרת עתירה לבג"ץ שהגישו בשנת 2006 המוקד להגנת הפרט וארגונים אחרים, סירב הצבא לשנות מהתנהלותו ולהודיע לאנשים שאת יציאתם הוא מונע לחו"ל, אולם קבע נוהל טיפול בבקשות לבירור מניעה ליציאה מהשטחים לחו"ל. הנוהל נועד לכאורה לאפשר למאות אלפי פלסטינים הנוסעים לחו"ל מדי שנה לברר מראש במת"ק (מינהלת תיאום וקישור) האם הצבא מונע את יציאתם לחו"ל.

הנוהל הראשוני שגיבש הצבא בשנת 2008 היה "דו שלבי" ודרש מפלסטינים שביקשו לברר מראש האם יוכלו לצאת לחו"ל להתחיל בהליך לכל הפחות 14 שבועות מראש, במהלכם נדרשו להתייצב במת"ק באופן אישי כמה פעמים. בעקבות ביקורת שמתח בית המשפט העליון על אורכו, מסורבלותו וחוסר סבירותו של הנוהל, פרסם הצבא בדצמבר 2009 נוהל מתוקן. נוהל זה היה "חד-שלבי" וקבע כי תושב פלסטיני שיפנה למת"ק, יקבל בו במקום תשובה האם עומדת נגדו מניעה ביטחונית; במידת הצורך, יוכל הפונה להגיש השגה על מניעת יציאתו, ותשובה להשגה תימסר לכל היותר בתוך 8 שבועות מתחילת ההליך.

מאז אימוצו של הנוהל התגלו כשלים חמורים ביישומו – אי עמידה בלוחות הזמנים, סירוב לטפל בפונים והחמור מבין כשלים אלה, מתן תשובות שגויות במת"ק. לאחר פניות רבות של המוקד וביקורת של בית המשפט, שינה הצבא במרץ 2011 בשנית את הנוהל.

על פי הנוהל החדש, מוטל על המבקש מידע זה להגיע למת"ק, כדי להגיש בקשה לבדיקה האם יש מניעה נגדו. מי שאינו מנוע יציאה, לא יזכה לקבל תשובה במקום, אלא יהיה עליו להגיע למת"ק פעם נוספת, בחלוף ארבעה ימים, על מנת להתבשר האם הוחלט למנוע את יציאתו, או לא. למי שיגלה במועד זה כי הצבא מונע את יציאתו, תהא זו רק תחילתו של הליך ההשגה המינהלי, שאמור לארוך שמונה שבועות נוספים.

הנוהל החדש מחזיר את הגלגל לאחור ועומד בניגוד להצהרות המדינה בבג"ץ ולהחלטות בית המשפט בהליכים קודמים. זאת ועוד, לשינוי זה אין כל הצדקה עניינית. אפילו הצבא אינו טוען כי מאחורי השינוי עמד צורך ביטחוני או אחר. כך, במקום לפעול לתיקון הכשלים בשיטתו, החליט הצבא לנקוט בדרך הקלה אך הפוגענית מבחינת זכויות אדם – לשוב ו"לטרטר" את הפונים ולהאריך את תקופת המתנתם.

ביום 9.6.2011 הגישו המוקד והאגודה עתירה דחופה לבג"ץ, להורות לצבא לבטל את השינוי בנוהל ולפעול לתיקון הכשלים שהביאו ליישומו הלקוי, כך שפונים העושים שימוש בנוהל, יקבלו תשובות נכונות, על אתר. הארגונים טוענים כי השינוי בנוהל מרע עוד יותר את מצבם של התושבים הפלסטינים; כי ישראל, במקום לנסות ולשפר את המצב, מציבה עוד ועוד מכשולים שהופכים את המסלול לבירור מוקדם למסלול בירוקרטי אינסופי, מתיש ובלתי נסבל, וזאת ללא כל צורך ממשי; וכי מדובר בפגיעה שלא לתכלית ראויה, תוך הפרה של התחייבויות שניתנו במסגרת עתירה קודמת בבג"ץ והחלטות בית המשפט העליון.

הארגונים מזכירים כי השינוי גורר החרפה של הפגיעה – החמורה גם כך – בזכויותיהם הבסיסיות של התושבים הפלסטינים המוגנים לחופש תנועה ולהליך הוגן, זכויות הנמנות עם הנורמות של המשפט הבינלאומי המינהגי ומעוגנות היטב במשפט הישראלי.