בפסק דין מיום 21.2.2010 מורות השופטות על מחיקת העתירה, תוך שמירה על זכותם של הארגונים לשוב ולפנות בעתיד לבית המשפט, במקרים פרטניים הנוגעים לנוהל לבירור מראש של מניעת יציאה לחו"ל. ההחלטה התקבלה בעקבות בקשת הארגונים למחוק את העתירה, זאת לאחר שהגיעו למסקנה כי קיים קושי לדון, במסגרת עתירה זו, בפרטי הוראות הנוהל והבעיות העולות ממנו. 

עתירת הארגונים הוגשה באוקטובר 2006 ועסקה בהגבלות הרבות החלות על אוכלוסיית "מנועי השב"כ". עם אוכלוסייה זו נמנו רבבות פלסטינים תושבי השטחים הכבושים, אשר סומנו על ידי מי מאנשי רשויות הביטחון, ללא הליך החלטה ראוי וללא תשתית עובדתית ברורה, כ"מנועים ביטחוניים". תושב השטחים המופיע ברשימה שחורה זו, צפוי לפגיעות שונות ומשונות ביכולת התנועה שלו בתוך השטחים וביציאה מהם. במסגרת העתירה, לצד דרישות עקרוניות הנוגעות ל"מנועי שב"כ" – דרישות שבית המשפט סירב לדון בהן - דרשו הארגונים כי הצבא יאפשר למבקשים לצאת לחו"ל לברר - עוד בטרם הגיעם לגשר אלנבי - האם קיימת בעניינם "מניעה ביטחונית". בהיעדר נוהל שכזה, תושב השטחים שביקש לצאת לחו"ל גילה כי הוא "מנוע יציאה" רק בהגיעו למעבר הגבול, מצב המלווה בעוגמת נפש רבה ובהוצאות מיותרות.

בעקבות דרישת בית המשפט הציג הצבא נוהל חדש לבירור מוקדם של מניעה ביטחונית ליציאה ולאופן ההשגה על המניעה. הנוהל, שהורכב משני שלבים שמשכם הכולל שלושה חודשים, לא רק שלא פתר את הבעיה, אלא הוסיף "טרטור" והכבדה בירוקרטיים על המבקשים לצאת לחו"ל והחריף את מצבם של מנועי היציאה: קודם לנוהל - גם אם דבר מניעת היציאה נתגלה רק בעת ההגעה לגשר אלנבי - ניתן היה לפנות בכתב ללשכת היועמ"ש לגדה המערבית, באמצעות באי כוח, על מנת להשיג על המניעה, ובמקרים רבים (70% בין השנים 2007-2003) הובילה פנייה כזו להסרת המניעה בתוך זמן קצר. הנוהל החדש חסם ערוץ זה, אילץ את כל המבקשים לערער על מניעת היציאה להגיע פיזית למשרדי התיאום והקישור, להתמודד עם מערכת בירוקרטית מסורבלת ומתישה, תוך בזבוז זמן משווע, ללא סיוע של ארגוני זכויות אדם ועורכי הדין. הארגונים דרשו בתגובה מתן צו ביניים להקפאת הנוהל ולהשבת אפשרות הפנייה ליועמ"ש. בית המשפט דחה את הדרישה, ובחר למקד את הדיונים בסעיפי הנוהל הקיים.

בעקבות טענות שהעלו הארגונים במסגרת ההליכים, הוכנסו מספר שינויים בנוהל. בין היתר נקבע, כי שלבי הבירור וההשגה שהופרדו בנוהל המקורי - יאוחדו, וכי אדם המגיע למת"ק לבירור קיומה של מניעה ביטחונית בעניינו, יקבל תשובה במקום ויוכל, במקרה הצורך, להגיש מיד השגה. מסגרת הזמן שנקבעה לטיפול בשלבי ההליך קוצרה לשמונה שבועות. אולם שני צדדים למטבע: אלה שהמניעה בעניינם מוסרת במהלך שלב ההשגה - שלב שמשכו המקורי היה שישה שבועות - נאלצים כעת להמתין שבועיים נוספים (ובסך הכל שמונה שבועות) לקבלת ההחלטה בעניינם. אין זה הביטוי היחיד לקשיים שמציב הנוהל. לצידו ניתן למנות, בין היתר, את ההחלטה כי מי שהמניעה בעינו נותרה בעינה, רשאי יהיה להגיש השגה נוספת על ההחלטה רק לאחר תשעה חודשים(!), וזאת בניגוד למצב בן השנים, לפיו השגה נוספת ניתן היה להגיש לאחר חצי שנה. כמו כן קיבע הנוהל החדש את ההגבלה על אפשרות הפנייה ליועמ"ש הגדה המערבית למקרים דחופים בלבד ולמקרים בהם ישנו ספק בנוגע לאופן הטיפול בבקשה.

במסגרת ההליכים טענה המדינה לשינוי בתמונת המציאות, לאור צמצום מספרם של מנועי היציאה. בהודעה שנמסרה מטעמה לבית המשפט נכתב, כי בעקבות העתירה חל שינוי דרסטי, לשון ההודעה, במספר תושבי איו"ש שיציאתם לחו"ל נמנעת. הנתון נמסר בתצהיר מטעם השב"כ שצורף להודעה. הנתונים המספריים המדויקים לא נמסרו לארגונים.