ביום 7.5.2006 עתר המוקד להגנת הפרט לבג"ץ, בשל מחדלו של הצבא לקיים את התחייבותו בפני בג"ץ, לטפל בבקשות של תושבי השטחים הגרים בגדה ומענם הרשום בעזה - לבקר אצל קרוביהם הכלואים בישראל. המוקד טען בעתירה כי למענם הרשום של העותרים אין כל נפקות באשר לחובתו של הצבא לממש את הזכות לביקורי משפחה במתקני הכליאה, שהיא זכות יסוד, הן של העצורים והן של בני משפחותיהם.
לתשובת המדינה צורף נוהל מיום 26.6.06 לטיפול בבקשות לביקורי כלואים, בו נקבע שבקשותיהן של אותן נשים לביקור בכלא יוגשו באמצעות הצלב האדום בגדה, והאחרון יעבירן, ברשימה נפרדת, למינהל האזרחי. גורמי המינהל האזרחי יטפלו בבקשות כפי שהם מטפלים בבקשותיהם של תושבי הגדה הרשומים ככאלה, וההיתרים שיונפקו יהיו זהים להיתרים המונפקים לתושבי הרצועה ע"י מת"ק עזה.
מתלונות שהגיעו למוקד עלה, כי לאחר שנסתיים הביקור נאמר לשתי נשים כי עליהן לעלות על האוטובוס הנוסע לעזה. הנשים הסבירו שהן גרות בגדה המערבית וכי משם הגיעו לביקור, אולם הסוהרים איימו עליהן כי בפעם הבאה, אם לא ישנו את מענן הרשום, יועלו על האוטובוס הנוסע לעזה.
בעקבות פניית המוקד, ביום 22.1.07 הבהיר היועץ המשפטי של הגדה המערבית לשירות בתי הסוהר, כי יש להתיר את חזרתן של הנשים לביתן בגדה המערבית, ולהקפיד על הנוהל שהתקבל.