העתירה, שהוגשה על ידי עו"ד מיכאל ספרד ביום 7.1.07, קבעה כי הצו הינו יישום בפועל של משטרים אפלים, ומבקש ליישם אידיאולוגיית הפרדה בשטחים הכבושים באמצעות מערכת החוק. הצו החדש, נטען בעתירה, מפר הוראות מרכזיות מן המשפט הבינלאומי ההומניטארי, מהמשפט הבינלאומי של זכויות האדם, מהמשפט הבינלאומי הפלילי ומהמשפט החוקתי והמינהלי הישראלי.
החוק היה אמור להיכנס לתוקף ביום 19.1.07, אולם ביום 16.1.07 הוקפא יישומו עד להודעה חדשה, בגלל, כך נמסר, "קשיים משפטיים" אשר טרם הוסדרו בנוגע לצו. קודם להקפאת הצו, ביום 29.11.06, שלח המוקד מכתב לאלוף פיקוד המרכז ובו דרש לבטלו לאלתר, בהיותו מקדם מדיניות גטואיזציה, מפלה פלסטינים על רקע אתני וגזעי ומנסה להגביל את עבודת ארגוני זכויות האדם בסיוע לפלסטינים שהכיבוש פוגע בזכויותיהם. ביום 7.12.07 אף פרסם המוקד יחד עם הארגונים העותרים מודעה בעיתונות, הקוראת לביטול הצו, ומודיעה כי הארגונים לא ישתפו עימו פעולה, לא יבקשו היתרים מיוחדים וימשיכו לעזור לפלסטינים המבקשים סיוע.
ביום 21.3.07 הודיע האלוף נווה על ביטול הצו; הצו "הוראות בדבר תנועה ותעבורה (הגבלת נסיעה ברכב ישראלי) (ביטול) (יהודה ושומרון), התשס"ז-2007" נכנס לתוקף באותו יום.
לצפייה בצו הביטול מיום 21.3.07
לצפייה במכתב המוקד מיום 29.11.06