ביום 7.1.07 הגישו המוקד להגנת הפרט ושבעה ארגוני זכויות אדם נוספים עתירה לבג"ץ, בדרישה לבטל את דבר החקיקה המכונה "הוראות בדבר תנועה ותעבורה (הגבלת נסיעה ברכב ישראלי) (יהודה והשומרון), התשס"ז–2006", שפרסם מפקד כוחות הצבא בגדה. דבר החקיקה האמור, אשר עתיד להיכנס לתוקף ביום 19.1.07, אוסר על ישראלים ותיירים להסיע ברכבם הפרטי פלסטינים בתחומי הגדה המערבית, ללא היתר לכך מהצבא.
בעתירה טוענים העותרים כי מדובר בהוראה המיישמת את אידיאולוגיית האפרטהייד ("אנחנו כאן והם שם") באמצעות החוק והמשפט, באצטלה של מניע ביטחוני, תוך יצירת סנקציה פלילית לבני לאומים שונים, הנפגשים במרחב הפרטי של רכב נוסעים, ללא היתר מהרשויות.
הצו החדש, טוענים העותרים, מעבר להיותו בלתי מוסרי בעליל, מפר במקביל ובאופן עצמאי הוראות מרכזיות במשפט הבינלאומי ההומניטארי, במשפט הבינלאומי של זכויות האדם, במשפט הבינלאומי הפלילי ובמשפט החוקתי והמינהלי הישראלי, האוסרות במפורש על אפליה על רקע קבוצתי, בין השאר מחמת מוצא לאומי או אתני. בפרט, נטען בעתירה, יוצר הצו האמור משטר אפרטהייד וכן משטר של רדיפה של קבוצה לאומית, המהווים שניהם פשעים בינלאומיים, בהתאם לקבוע באמנה הבינלאומית בדבר דיכוי ושפיטה של פשע האפרטהייד, ובחוקת רומא משנת 1998.
לבסוף, טוענים העותרים, כי בחקיקת הצו חרג המפקד הצבאי מסמכות החקיקה המסורה לו על-פי המשפט הבינלאומי ועל-פי החקיקה הצבאית בשטחים הכבושים, ולכן יש לבטלו לאלתר.
לצפייה במכתב המוקד לאלוף פיקוד מרכז מיום 29.11.06