ביום 13.3.06 עתר המוקד להגנת הפרט נגד הגבלות התנועה הגורפות המוטלות על התנועה בין רצועת עזה והגדה המערבית. בעתירה נדרשת המדינה לאפשר את המעבר למי שאין מניעה ביטחונית למעברו, גם בהיעדר "נסיבות הומניטאריות מיוחדות". בעתירה נטען כי צמצום חופש התנועה למספר עילות הומניטאריות מיוחדות מהווה פגיעה בלתי מידתית בכבוד האדם וחירותו, ולזכויות אדם שונות, אשר מימושן תלוי בחופש התנועה.
העתירה סוקרת את הגבלות התנועה הקשות בתקופת האינתיפאדה השנייה, ובמיוחד מאז יולי2005. לפי הנתונים שמסר הצבא, המעבר מתאפשר בעת שגרה ל-200 אנשים במקרים הומניטאריים, ובשעת סגר מצטמצם המעבר לעשרות בודדות בלבד. לעמדת המוקד מצביעים הנתונים על כך שלא ניתן כל משקל לזכויות האדם וכי, למעשה, חדלה המדינה לכבד את חופש התנועה בין שני החלקים של השטחים הכבושים.המוקד מדגיש בעתירה, כי רצועת עזה והגדה מהוות יחידה טריטוריאלית אחת, ולאזרחים הפלסטינים זכות לחופש תנועה ביניהן - זכות המקבילה לזכות אדם לנוע בתוך מדינתו. כן קובעת העתירה, כי כל עוד ישראל שומרת לעצמה את הסמכות לקבועלמי יינתנו היתרי תנועה, מוטלת עליה האחריות לכיבוד זכויות האדם ולשמירה על מרקם החיים של האזרחים. לסיום טוען המוקד כי ניתוק דה-פקטו של הרצועה מהגדה המערבית מהווה שינוי קבע של מעמד השטחים הכבושים, דבר האסור על פי הדין הבינלאומי.